Thế mà giai đoạn từ 2 đến 8 tuần kể từ khi thụ thai lại là giai đoạn rất nhạy cảm, thời kỳ mà những nét chính của của gương mặt và nhiều cơ quan quan trọng như tim, thận bắt đầu hình thành. Bất cứ thứ gì người phụ nữ ăn, uống, hút đều có thể ảnh hưởng đến thai.

Cơ quan quản lý thuốc và thực phẩm Mỹ (FDA) đã đề ra hệ thống phân loại mức độ an toàn của thuốc, cả loại thuốc thông thường bán tự do ở các quầy thuốc cho đến các loại thuốc do thầy thuốc kê đơn:

- Loại A: Đã có bằng chứng tin cậy cho thấy không tăng nguy cơ gây ra những bất thường cho thai, ví dụ như folic acid, vitamin B6, hoóc-môn tuyến giáp ở liều vừa phải.

- Loại B: Những nghiên cứu trên động vật không thấy có hại cho thai nhưng chưa có bằng chứng tin cậy khi dùng cho phụ nữ có thai hoặc những nghiên cứu trên động vật thấy có tác dụng phụ phơ nhưng chưa có bằng đáng tin cậy chứng tỏ có nguy cơ cho thai: một vài loại kháng sinh, acetaminophen (Tylenol), aspartame (đường  nhân tạo), famotidine (Pepcid), prednisone (cortisone), insulin (để điều trị bệnh tiểu đường) và ibuprofen (Advil, Motrin) trước 3 tháng cuối. Phụ nữ có thai không nên dùng ibuprofen trong 3 tháng cuối của thai nghén.

- Loại C: Những nghiên cứu trên động vật thấy có tác động phụ nhưng chưa có bằng chứng khi dùng cho phụ nữ có thai hoặc chưa có nghiên cứu trên động vật và chưa có đủ nghiên cứu đáng tin cậy trên phụ nữ có thai. Những thuốc thuộc nhóm này bao gồm: prochlor perzaine (Compazine), Suldafed, Fluconazole (Diflucan) và ciprofloxacin (Cipro). Một số thuốc chống trầm cảm cũng thuộc nhóm này.

- Loại D: Đã có một số nghiên cứu quan sát đáng tin cậy trên phụ nữ có thai rằng thuốc có nguy cơ cho thai nghén nhưng vì lợi ích điều trị lớn hơn nguy cơ tiềm ẩn, đó là rượu, lithium (dùng để điều trị bệnh thao cuồng trầm uất), phenytoin (Dilantin) và hầu hết các loại thuốc của hoá liệu pháp dùng cho ung thư. Trong một vài trường hợp, thuốc dùng cho hoá liệu pháp được chỉ định dùng khi đang có thai.

- Loại X: Đã có đủ nghiên cứu hoặc quan sát đáng tin cậy trên động vật hoặc trên phụ nữ có thai và thấy rằng thuốc hay sản phẩm chắc chắn có gây bất thường cho thai. Có chống chỉ định dùng thuốc/sản phẩm cho phụ nữ có thai hoặc có thể có thai. Thuộc nhóm này là những thuốc để điều trị bệnh ngoài da như bệnh trứng cá bọc (Accutane) và bệnh vẩy nến (Tegison hoặc Soriatane); thuốc an thần (thalidomide) và thuốc phòng sẩy thai đã được dùng cho đến năm 1971 ở Mỹ và đến năm 1983 ở châu Âu (Doethylstilboestrol hay DES).   

Aspirine và nhiều thuốc khác có chứa salicylate không được dùng khi có thai. Trong một số ít trường hợp, thầy thuốc có thể cho phụ nữ dùng những thuốc này nhưng cần được theo dõi chặt chẽ. Acetylsalicylate là chất rất thường có trong thành phần của nhiều loại thuốc chống đau bán tự do ở quầy có thể làm cho thai nghén kéo dài hơn và có thể gây chảy máu nặng trước và sau khi sổ thai. Tháng 7-1990, FDA quy định aspirin và các thuốc có aspirin dạng uống và dạng đặt trực tràng phải ghi thêm lời cảnh báo ở nhãn đặc biệt lưu ý không dùng trong 3 tháng cuối thai nghén.

Một số trường hợp vẫn phải dùng thuốc kể cả khi có thai và mối hiểm nguy khi không được điều trị.

Với những dẫn chứng nói trên thì việc sợ dùng thuốc khi đang mang thai là điều dễ hiểu và còn chứng tỏ một bước tiến bộ trong dân trí nhưng nhiều khi có những bệnh nếu không được điều trị đủ mạnh hay hoàn toàn không được điều trị lại có thể gây nguy hiểm hoặc thậm chí đe doạ sinh mạng. 

Ví dụ khi bị nhiễm ký sinh trùng gây bệnh toxoplasmosis (tiếp súc với phân mèo, do ăn thịt có màu đỏ không nấu kỹ hoặc khi làm vườn, đụng chạm với đất có nhiễm phân mèo), một bệnh thường không có hại cho trẻ em và người trưởng thành nhưng có thể gây dị tật bẩm sinh cho não, mắt, tim và nhiều cơ quan khác cho nên cần được điều trị bằng kháng sinh khi đang mang thai. 

Nhiễm HIV ở phụ nữ có thai cũng cần được điều trị bằng ziđovuine (AZT) vì nghiên cứu cho thấy thuốc làm giảm được đến 2/3 nguy cơ lây nhiễm sang thai nhi ở những bà mẹ có HIV dương tính và cả mẹ vàcon đều không có tác dụng phụ nào đáng kể ngoài thiếu máu nhẹ. 

Bệnh tiểu đường nếu không được điều trị làm tăng nguy cơ sẩy thai và đẻ ra con chết. 

Bệnh hen làm giảm ôxy trong máu nuôi dưỡng thai nhi, có thể làm cho thai kém phát triển và đe doạ sự sống của thai. Cao huyết áp làm tăng nguy cơ cho nhau thai và làm cho thai chậm phát triển. 

Có thuốc còn có khả năng phòng dị tật bẩm sinh cho thai, ví dụ không đủ folic acid dễ sinh ra con có vấn đề nghiêm trọng ở não hoặc ở tuỷ sống. Phải dùng folic acid từ trước khi có thai vì những vấn đề nói trên có thể xảy ra rất sớm - khi thai mới mới 3- 4 tuần, thời điểm mà người phụ nữ chưa nhận biết mình có thai. Mỗi ngày cần 0.4mg folic acid. Có thể dùng multivitamin hoặc ăn nhiều rau quả, cam, chuối, sữa, đậu đỗ, thịt cơ quan (gan gà…).

Vậy điều quan trọng là thầy thuốc cần cân nhắc vấn đề lợi ích của thuốc phải lớn hơn nguy cơ cho mẹ và cho thai.